Ignalinos rajonas

• Prūtas, ežeras (Ružo ež. (Ružo up.))
• Raibenių ežeras (Naujojo Daugėliškio seniūnija)
• Raukėta, ežeras (Rimšės seniūnija)
• Rimščikas, ežeras (Kazitiškio seniūnija)
• Ringys, ežeras (Naujojo Daugėliškio seniūnija)

• Rūkštys, ežeras (Dūkšto seniūnija)
• Rūžas, ežeras (Žilmo ež. (Žilmos))
• Rūžo upelis, upė (Žilmo ež. (Žilmos))
• Sągardas, ežeras (Svetyčia)
• Samanis, ežeras (Neris)

• Samanis, ežeras (R-1 (Ringės))
• Savičiaus ežeras (Ignalinos seniūnija)
• Seklas, ežeras (Dringio ež. (Žeimenų ež.))
• Serbentinis, upė (Švogina)
• Sirvėta, upė (Kančiogino ež. (Kančioginos))

• Skaidrys, ežeras (Karačiunka)
• Skripkų ežeras (Gulbinėlė)
• Skudutis, ežeras (Ignalinos seniūnija)
• Sravinaitis, ežeras (Asėko ež. (Asalnų ež.))
• Srovė, upė (Asėko ež. (Asėkos))

• Strigailiškio tvenkinys (Ignalinos seniūnija)
• Svetyčia, upė (Dysnų ež. (Dysnykščios))
• Svirkų ežeras (Birvėta)
• Šakarvai, ežeras (Žeimena)
• Šaminis, ežeras (Tauragna)

• Šaminis, ežeras (Dysna)
• Šatarinis, ežeras (Smalvo ež. (Smalvos))
• Šiekštelis, ežeras (Almajo ež. (Srovės))
• Šilinis, ežeras (Almajo ež. (Srovės))
• Šiūlėnų tvenkinys (Ringė)

• Visagino sav.
• Utenos r. sav.
• Anykščių r. sav.
• Molėtų r. sav.
• Zarasų r. sav.