Zarasų rajonas

• Samavas, ežeras (Ūparto ež. (Šventosios))
• Skaistinis, ežeras (Salako seniūnija)
• Skaistinis, ežeras (Babrinės ež. (Šunelės up.))
• Skirna, upė (Kumpotė)
• Skirnas, ežeras (Kumpotė)

• Skritelis, ežeras (Turmanto seniūnija)
• Smalva, upė (Drūkšių ež. (Prorvos))
• Smalvas, ežeras (Drūkšių ež. (Prorvos))
• Smalvykštis, ežeras (Smalvo ež. (Smalvos))
• Sniūtys, ežeras (Dusetų seniūnija)

• Stačiūnų ežeras (S-3 (Smalvos))
• Stelmužė, upė (Lukšto ež. (Lukštos))
• Stelmužės ežeras (Lukšta)
• Stromelė, upė (Šventoji)
• Stromis, ežeras (Degučių seniūnija)

• Stumbrinė, ežeras (Imbrado seniūnija)
• Suvieko tvenkinys (Suvieko ež. (Z-1))
• Suvieko ežeras (Zelionkos ež. (Raudos up.))
• Svaitūtas, ežeras (Šventoji)
• Svaitūtėlė, upė (Šventoji)

• Šakių ežeras (Drūkšių ež. (Prorvos))
• Šavaša, upė (Šventoji)
• Šekšys, ežeras (Antalieptės HE tv. (Šventosios))
• Šilo ežeras (Dusetų seniūnija)
• Šiurpelis, ežeras (Antalieptės HE tv. (Šventosios))

• Šiurpys, ežeras (Antalieptės HE tv. (Šventosios))
• Šventas, ežeras (Vaisinė)
• Šventelis, ežeras (Zarasų seniūnija)
• Šventosios tvenkinys (Neris)
• Tabalinis, ežeras (Turmanto seniūnija)

• Visagino sav.
• Utenos r. sav.
• Anykščių r. sav.
• Molėtų r. sav.
• Ignalinos r. sav.