Molėtų rajonas

• Siesartis, upė (Šventoji)
• Sirvydis, ežeras (Čiulėnų seniūnija)
• Skarblys, ežeras (Čiulėnų seniūnija)
• Slabados ežeras
• Smailių ežeras (Dubingių seniūnija)

• Smėlinis, ežeras (Balninkų seniūnija)
• Spalis, ežeras (Verbyla)
• Spenglas, ežeras (Dubinga)
• Stirna, ežeras (Asvejos ež. (Dubingos))
• Stirniai, ežeras (B. Lakajų ež. (Lakajos))

• Strikas, ežeras (Stirnių ež. (B. Lakajų ež.))
• Suoja, upė (Vastapa)
• Suojys, ežeras (Alantos seniūnija)
• Suoselis, ežeras (Dubingių seniūnija)
• Susiedas, ežeras (Virintų ež. (Virintos))

• Sutrinis, ežeras (Pravala)
• Svobiškio tvenkinys (Šventoji)
• Šaminis, ežeras (Galuonio ež. (Aisetos))
• Šešuolių ežeras (Bebrusų ež. (Bebrusų up.))
• Šiekštas, ežeras (Pravala)

• Šiekštelis, ežeras (Balninkų seniūnija)
• Šilagilušis, ežeras (Čiulėnų seniūnija)
• Širvintų ežeras (Širvinta)
• Šiupieniai, ežeras (Giedraičių seniūnija)
• Šlavinas, ežeras (Pravala)

• Šlynupis, upė (Vastapo ež. (Vastapos))
• Šventas, ežeras (Nikajo ež. (Nikajės))
• Šventišius, ežeras (Alantos seniūnija)
• Talė, upė (Vieša)
• Taurelis, ežeras (Giedraičių seniūnija)

• Visagino sav.
• Utenos r. sav.
• Anykščių r. sav.
• Zarasų r. sav.
• Ignalinos r. sav.