Lazdijų rajonas

• Randiškių ežeras (Teizų seniūnija)
• Rietaviškė, upė (Dumblinio ež. (Salotės))
• Rimietis, ežeras (Šešupė)
• Rolių ežeras (Šeštokų seniūnija)
• Rūžė, upė (Nemunas)

• Sagavas, ežeras (Seirijo ež. (Seiros))
• Saknas, ežeras (Veisiejų seniūnija)
• Salinis, ežeras (Lazdijų seniūnija)
• Salotė, upė (Neviedžio ež. (Neviedė))
• Saltonka, upė (Vilkė)

• Samanis, ežeras (Veisiejų seniūnija)
• Samanius, ežeras (Kapčiamiesčio seniūnija)
• Seirijis, ežeras (B. Ančia)
• Seliovinis, ežeras (Veisiejų ež. (Niedos))
• Senkonė, upė (Dulgo ež. (Dulgelės))

• Senkutis, ežeras (Dusios ež. (Dovinės))
• Sidabrinaitis, ežeras (Veisiejų seniūnija)
• Simaniškė, ežeras (Seira)
• Skaistis, ežeras (Veisiejų seniūnija)
• Skinežeris, ežeras (Veisiejų ež. (Niedos))

• Skinežeris, ežeras (Veisiejų seniūnija)
• Skuistas, ežeras (Šlavantų seniūnija)
• Skundis, ežeras (Veisiejų seniūnija)
• Smalinyčia, ežeras (Kliaulyčia)
• Snaigynas, ežeras (Stirta)

• Snaigynas, upė (Trikojo ež.)
• Spartas, ežeras (Šlavantų seniūnija)
• Spartas, upė (Šlavanto ež. (Murgų upelio))
• Stirta, upė (Seira)
• Stirtos, ežeras (Seira)

• Alytaus m. sav.
• Druskininkų sav.
• Alytaus r. sav.
• Varėnos r. sav.